系统：基于Android 6.0定制的Flyme 5.2
魅族MX6搭载的是基于Android 6.0深度定制的Flyme 5.2系统，整体运行还是比较流畅。不过，该版本的系统并没有增加太多新功能，而且不支持3D Touch压感的交互。而值得一提的是，魅族MX6的系统适配环窗智能保护皮套带来了不少有新的交互体验。
系统界面方面，相对于Flyme 5.1并没能太大的变化，继续沿用扁平化的设计元格，配色相对比较淡雅，看起来感觉有点小清新。
下拉菜单采用高斯模糊以及点线圈的设计，相当简约，后台任务菜单则采用了卡片式的设计。在此值得一提的是，其交互逻辑非常独特，魅族MX6仅保留一颗物理Home键的设计，轻触返回、按压回到主菜单（mBack），而直接从机身底部上拉可以呼醒后台多任务菜单。此外，魅族MX6的物理Home键同样支持指纹识别，而且支持微信和支付宝的指纹支付。
功能方面，最为独特的便是红包助手功能。此外，Flyme OS还提供多种手势操作功能，如双击亮屏、屏幕任意地方下滑打开通知面板等等。
值得一提的是，Flyme 5.2同样提供了全局搜索功能，可以直接搜索本地和网络的信息和资源。此外，其还提供了生活黄页，整合了绝大部分互联网生活服务信息，非常方便实用。
最大的亮点是适配环窗智能保护皮套而新增的Meizu see应用，该应用可以直接到软件商店下载。打开软件扫描皮套后壳的二维码，能完成软件和皮套的适配，然后通过该软件可以查看皮套翻盖的次数以及亮屏时间等等。此外，还可以设置不同应用在皮套天窗推送信息的权限。
此外，为了丰富智能皮套天窗的体验，魅族MX6搭载的Flyme 5.1还适配提供了很多“环窗”界面。可以选择不同的显示表盘、进行快捷设置、拍照、听音乐以及显示各种推送信息。总而言之，“环窗”界面的体验可以说和智能手表有点相似。
